Les données du Corine Land Cover sur la commune de Saint-Martin-d'Auxigny ont permis de fournir la superficie de chaque grand type d'occupation des sols pour 2005.

La commune est couverte principalement par des vergers (1150 ha, soit 50%) situés à la périphérie proche (voire dans le centre) du bourg et des zones forestières (765 ha soit 30%) localisées à l'ouest du centre bourg, notamment la forêt domaniale d'Allogny. Les terres agricoles (terres arables + zones agricoles hétérogènes interrompues par des espaces naturels ou des prairies...) représentent environ 12% de la superficie de la commune et sont principalement situées à la périphérie proche des zones urbaines.

La diversité d'occupation des sols de la commune (forêts, vergers, terres arables, prairies...) est, à première vue, peu « favorable » aux problèmes de ruissellement. Toutefois, les rangées de pommiers des vergers étant, pour la majeur partie, séparées par des sols nus (pas de couverture végétale), les secteurs contribuant fortement au ruissellement (vergers, terres arables, zones agricoles, habitats) représentent 60% du bassin versant total.